El Órgano de Control Institucional, es responsable del control gubernamental interno de la entidad, supervisa vigila y verifica los actos y resultados de la gestión en atención al grado de eficiencia, eficacia, transparencia economía en el uso y destino de los recursos y bienes del estado, así como el cumplimiento de las normas legales. El Órgano de Control Institucional desarrolla sus funciones con independencia funcional y técnica respecto de la administración de la entidad, se encuentra sujeta a los principios y facultades establecidas en la ley del Sistema Nacional de Control, por lo tanto no participa en los procesos a cargo de la administración de la entidad.

El Órgano de Control Institucional, tiene las siguientes funciones:

1. Ejercer el control interno posterior a los actos y operaciones de la entidad sobre la base de los lineamientos y cumplimiento del Plan Anual de Control a que se refiere el artículo 7° de la ley, así como el control externo a que se refiere el artículo 8° de la Ley, por encargo de la Contraloría General.
2. Efectuar auditorias a los estados financieros y presupuestarios de la entidad así como a la gestión de la misma, de conformidad con las pautas que señale la Contraloría General. Como alternativa estas auditorias podrán ser controladas por la entidad con sociedades de auditoría externa, con sujeción al reglamento sobre la materia.
3. Ejecutar las acciones y actividades de control a los actos y operaciones de la entidad, que disponga la contraloría general, así como los que sean requeridas por el titular de la entidad. Cuando estas últimas tengan carácter de no programadas su relación será comunicada a la Contraloría General por el Jefe de OCI se consideran actividades de control, entre otras las evaluaciones, diligencias, estudios, investigaciones, pronunciamientos, supervisiones y verificaciones.
4. Efectuar el control preventivo sin carácter vinculante, al órgano de más alto nivel de la entidad con le propósito de optimizar la supervisión y mejora de los procesos, practicas e instrumentos de control interno, sin que ello genere prejuzgamiento u opinión que comprometa el ejercicio de su función, vía el control posterior.
5. Remitir los informes resultantes de sus acciones de control a la Contraloría General, asi como, al titular de la entidad y del sector cuando corresponda, conforme a las disposiciones sobre la materia.
6. Actuar de oficio cuando en los actos y operaciones de la entidad se adviertan indicios razonables de ilegalidad, de emisión o de incumplimiento, informando al titular de la entidad para que se adopten las medidas correctivas pertinentes.
7. Recibir y atender las denuncias que formulen los servidores, funcionarios públicos y ciudadanos, sobre actos y operaciones de la entidad, otorgándole el trámite que corresponda a su mérito y documentación sustentatoria respectiva.