El Área de Gestión Institucional es responsable de planificar, organizar, dirigir y evaluar los asuntos relacionados con la formulación de proyectos, planes estratégicos y presupuesto de la Unidad de Gestión Educativa Local, así como con aspectos de gestión, fortalecimiento institucional y estadística. Las funciones del Área de Gestión Institucional son:

1. Difundir, orientar y supervisar la aplicación de la política y normatividad educativa nacional, regional y local en materia de gestión institucional, asi como evaluar sus resultados.
2. Formular y evaluar el Proyecto Educativo Local de Frontera en coordinación con el Consejo Participativo Local de Educación.
3. Emitir opinión sobre la creación, ampliación, modificación, traslado, suspensión, reapertura, cambio de nominación de las instituciones educativas públicas y coordinar en los casos de traslado de local, cambio de denominación, transferencia de propiedad de las Instituciones Educativas Privadas.
4. Formular, programar y evaluar el presupuesto anual de la Unidad de Gestión Educativa Local y de las instituciones educativas y gestionar su financiamiento en coordinación con el Consejo Participativo Local de Educación.
5. Formular, aplicar y evaluar los instrumentos de gestión institucional: Proyecto Estratégico Institucional, Reglamento de Organización y Funciones, Manual de Organización y Funciones, Cuadro para Asignación de Personal, Manual de Procedimientos, y normatividad interna, entre otros.
6. Monitorear, asesorar y supervisar a las Instituciones Educativas en la elaboración y aplicación del Proyecto Educativo Institucional, Reglamento Interno, Plan Anual de Trabajo y el Informe de Gestión Anual.
7. Orientar, reconocer y registrar al Consejo Directivo y Consejo de Vigilancia de las Asociaciones de Padres de Familia de las Instituciones Educativas Publicas y los Consejos Educativos Institucionales (CONEI).
8. Promover y proponer en los casos que corresponda, la creación y funcionamiento de redes educativas como estrategia de organización y gestión.
9. Evaluar el funcionamiento de las instituciones educativas con criterios de calidad y pertinencia del servicio.
10. Racionalizar personal, materiales físicos, financieros y tecnológicos en la Unidad de Gestión Educativa Local y en las Instituciones Educativas públicas.
11. Organizar, ejecutar y evaluar programas de formación continua en gestión institucional del personal Directivo, Profesional y Técnico de la Unidad de Gestión Educativa Local y de las Instituciones Educativas.
12. Elaborar y difundir la estadística educativa local construyendo indicadores que definan la calidad y pertinencia del servicio, utilizando modernos sistemas de información.
13. Formular, asesorar y conducir proyectos de modernización para el desarrollo educativo y equipamiento y proponerlos para su gestión ante las instituciones públicas y privadas que correspondan.
14. Emitir informes técnicos y asesorar en asuntos de su competencia.
15. Mantener actualizado el margesí de bienes inmuebles de su ámbito territorial, efectuando el saneamiento físico legal de aquellos que lo requieran, en coordinación con la Dirección Regional de Educación y el órgano competente de la Sede Central del Ministerio de Educación.